NACIONAL EN EL 2000

Atlético Nacional comenzó el año 2000 participando en la Copa Libertadores donde el club colombiano finalizó último del Grupo 4 detrás de River Plate, Atlas de Guadalajara y Universidad de Chile. Al mismo tiempo, en el torneo local los resultados no se dieron ya que quedó séptimo de la tabla general, quedándose por fuera del cuadrangular final. En este año Nacional se coronó nuevamente como campeón de la Copa Merconorte, esta vez contra uno de sus rivales, Millonarios de Bogotá.

Al año siguiente, en 2001, Nacional se quedó a un paso de clasificar a los cuadrangulares semifinales de fin de año, ya que fue noveno con 63 puntos, los mismos de Independiente Medellín, pero con peor diferencia de goles.Por otra parte, en la Copa Merconorte 2001, se quedó por fuera en el Grupo D al ser segundo con 10 puntos.

En 2002 la Conmebol unificó las copas Merconorte y Mercosur para crear la Copa Sudamericana. En esa temporada, Atlético Nacional fue invitado para participar de la primera edición, dejando en el camino a América de Cali, Santiago Wanderers y Nacional de Montevideo para llegar a la final.84 En el partido de ida en Medellín, Atlético Nacional cayó goleado 0-4 con San Lorenzo de Almagro, el juego de vuelta finalizó 0-0 en Argentina.

En 2003 consigue llegar hasta semifinales de la Copa Sudamericana. En el torneo local, el equipo verdolaga no pudo llegar a la final de los torneos Apertura (puesto 14) y Finalización (segundo, pero en los cuadrangulares fue tercero del Grupo B).

En 2004 no tuvo mayores satisfacciones para Nacional. Llegó a la final del Torneo Apertura contra su rival de patio, Independiente Medellín, en la primera final paisa de la historia del fútbol colombiano. El duelo de ida fue ganado por el 'Poderoso' 2-1 con goles de Jorge Horacio Serna y Rafael Castillo. Edixon Perea descontó para Nacional. El juego de vuelta quedó 0-0, lo cual le dio el título a su rival de plaza.En el Torneo Finalización también consigue llegar a la final contra Junior de Barranquilla. En el juego de ida en el Estadio Metropolitano, el equipo costeño ganó 3-0, dejando mal parado al equipo verdolaga para el juego de vuelta. No obstante, en la revancha, Atlético Nacional ganaba 5-1, ganando parcialmente el título con el marcador agregado de 5-4, pero faltando tres minutos para el final, el argentino Walter Ribonetto marcó el 5-2 alargando la final a definición por penales. Allí Juan Carlos Ramírez falló para Nacional, lo cual permitió a Martín Arzuaga marcara el penal decisivo y le diera la corona a Junior en el estadio Atanasio Girardot, haciendo que la remontada fuera en vano.

En el Torneo Apertura 2005 se hace con el octavo título profesional, al llegar a la final para enfrentarse a Santa Fe en la que empataron a 0 en la ida en El Campin y con victoria para el Verde 2:0 en el Atanasio Girardot. En el segundo semestre de aquel año fue totalmente contrastado con el primero, fue eliminado en octavos de final de la Copa Sudamericana y se quedó fuera de los cuadrangulares del torneo local.

En 2006 Nacional llegaría hasta octavos de final de la Copa Libertadores, donde fue eliminado a manos de la Liga Deportiva Universitaria de Quito. En el torneo local llegó a los cuadrangulares, pero quedo tercero en su grupo, cumpliendo una pobre presentación. Ya en el torneo de segundo semestre, el verde llega a los cuadrangulares semifinales, pero se quedó en el camino hacia el título, después de que perdiera dos partidos claves frente al Deportes Tolima, 1-0 en Ibagué y 1-2 en Medellín.

En 2007 Atlético Nacional consigió el bicampeonato. En el Torneo Apertura superó en la final al Atlético Huila. El primer partido, disputado en el estadio Guillermo Plazas Alcid de Neiva, el 13 de junio, finalizó 1:0 a favor de Atlético Nacional con gol de Carmelo Valencia. El segundo encuentro, jugado el 17 de junio, terminó 2:1 a favor del equipo antioqueño con goles del delantero Carmelo Valencia y el volante Diego Toro, obteniendo así el título nacional por novena ocasión. En el Torneo Finalización ganó el décimo título loca frente al recién ascendido La Equidad de Bogotá. El primer partido, disputado en el Estadio Nemesio Camacho El Campín de Bogotá, el 16 de diciembre, finalizó 3:0 a favor de Atlético Nacional con goles de Carmelo Valencia, Sergio Galván y León Darío Muñoz. El segundo encuentro, jugado el 19 de diciembre, en el Estadio Atanasio Girardot, terminó 0:0.

En 2008 baja su rendimiento notablemente tanto en el torneo local como en la Copa Libertadores 2008, pues en el Torneo Apertura 2008 queda 14 y no pasa a las semifinales y en el Torneo Clausura 2008 queda tercero en la fase regular pero en los cuadrangulares queda último de su grupo con 4 puntos. En 2009 hace su peor aparición en el torneo local al quedar en el puesto 17 en el Apertura, luego en el Clausura logra clasificar a los cuadrangulares finales pero no obtiene los resultados deseados. En el Torneo Apertura 2010 no logra clasificar a las semifinales y luego en el Finalización 2010 clasificó anticipadamente a los cuadrangulares finales pero fue rápidamente eliminado al terminar en el último lugar de su grupo con 5 puntos.